学科综合考核是博士生进入学位论文阶段前的一次综合性考核，主要评估博士生的学术道德、理论基础知识和学术科研能力等，原则上每位博士研究生必须如期参加，有不可抗拒等原因不能参加者，最多允许推迟半年进行（需提前申请，由学院审核汇总后报研究生院备案）。
学科综合考核由各学科（学院）统一组织，考核形式含学科综合水平笔试和专家面试。
笔试内容参照农业工程学科“博士学位基本要求”统一命题，应涵盖本一级学科所有的专业知识和核心课程内容。学院须成立博士生学科综合水平笔试命题小组，严格做好命题的保密工作。
4月15日前，按照一级学科召开所有博导参加的学科综合考核推进会议，推进博士生学科综合考核工作，成立农业工程博士生学科综合水平笔试命题小组。
5月30日前，完成农业工程博士生学科综合水平笔试试题库工作。
6月30日前，举行并完成2015级博士研究生农业工程学科综合水平笔试工作。
学科成立综合面试考核小组，由农业学科至少5名专家组成（本学科专家不得少于一半），确定一名学科带头人或方向带头人主持面试工作。农业工程学科综合面试每年举办两次，分别在六月份、12月份进行。
综合面试现场，博士生本人应就博士学位论文的选题做一次综合汇报，汇报时间不少于20分钟，要求考生详细介绍论文选题的研究背景、选题依据、研究目的和意义、国内外研究现状、主要研究内容、研究方案、要解决的关键问题、创新点、预期目标和已经取得的研究结果等。面试专家根据考生汇报内容及回答问题等情况在“博士研究生学科综合考核面试记录表”上填写面试记录。
学科综合考核结果根据考生的笔试、面试成绩分为优秀、合格和暂缓通过三种，暂缓通过的比例不得少于实际参加考核人数的15%，招生人数少的学科至少实行考核末位淘汰制度。对于暂缓通过的博士生，学科（学院）可根据具体情况建议学生择期重新考核或退学。博士生在学期间共有两次综合考核机会，第一次考核暂缓通过者允许择期另行考核（两次考核时间间隔不得少于6个月），两次考核均未通过者按退学处理。
综合考核前一个月，学院将学科综合水平笔试和专家面试的时间、地点、考核内容、日程安排和参加考核的博士研究生名单等具体信息上网公开。综合考核结束后，学院须将每位博士生的考核结果录入“研究生管理信息系统”，在学院网站上公示此次考核通过、暂缓通过的博士生名单，并将最终确定的博士生名单报研究生院培养办（纸质版和电子版各一份）。
