学科建设涵盖农业工程和机械工程两大领域，具有机械设计及理论、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程、农业机械化工程、农业水土工程、生物机电工程6个博士学位点以及生态学硕士学位点，设有农业工程、机械工程博士后流动站。农业机械设计与制造学科1981年首批获博士点，1987年被评为机械部重点学科，1994年被评为江苏省重点学科，2003年获得农业工程一级学科博士点。农业工程学科是由农业工程学院、电气信息工程学院、食品与生物工程学院、流体中心和汽车与交通工程学院等共建。农业电气化与自动化学科2001年和2006年连续被评为江苏省重点学科,2007年被评为国家重点学科。农业生物环境与能源工程学科2006年被评为江苏省重点学科。农业工程一级学科2008年被评为江苏省一级学科重点学科，2009年被评为江苏省一级学科国家重点学科培育建设点,2011年被评为江苏省优势学科，在二期建设中获批优秀；农业工程学科已经获批两个国家一流专业。